Река берёт начало из малого озера вблизи бессточного озера Туях и течёт на северо-запад. Принимая слева притоки из Дурных озёр Монгнон поворачивает на восток и течёт так около 10 км.

Высота истока около 69 метров нум.

Основное течение

Забирая к северу, река создаёт излучину, после которой принимает справа свой крупнейший приток — реку Жёлтую.

В центральной части течения река Монгнон имеет ширину в 10 метров, глубину 1 метр и твёрдые породы на дне.

Устье

Монгнон впадает в малую правую протоку Хеты справа. Однако, впадая в протоку, Монгнон размыл правобережный остров Хеты, создав малый безымянный островок, и стал течь «сквозь» протоку, постепенно уводя её течение в новое русло.

В основное течение Хеты Монгнон и протока впадают у восточного окончания острова Короткий.

Высота реки вблизи устья составляет 15 метров нум.

Соседние бассейны рек

Монгнон на западе граничит с бассейном ручья Гусиный и рекой Ларгакалах, на юге с Широтными озёрами (сток в реку Широтную), бессточным озером Туях, на востоке с рекой Хобдох-Сала (приток Боярки).