С гранитоидными интрузивами связаны месторождения многих несовместимых, т.е. накапливающихся в ходе кристаллизационного фракционирования, элементов: олова, вольфрама, лития, бериллия, урана, тория (эти элементы нередко именуют «гранитофильными»). Особенно перспективны, как правило, апикальные (верхние) части тел лейкогранитов и аляскитов. При плутонах повышенной щелочности возможно также формирование проявлений и месторождений тантала, гафния и редкоземельных элементов. К массивам умеренной кремнекислотности (гранодиоритовым и монцонитоидным) нередко приурочены месторождения меди, молибдена, золота, железа. В большинстве случаев промышленные скопления металлов связаны с интрузивами малых и средних глубин; абиссальные тела обычно безрудные. Некоторые гранитные пегматиты разрабатываются как источники мусковита и керамического сырья. Средне-низкотемпературными гидротермальными системами при остывающих интрузивах создаются месторождения свинца, цинка, меди, серебра, висмута, сурьмы, мышьяка, ртути и других халькофильных элементов. Нередко такие месторождения располагаются на значительном удалении от плутонов. В таких случаях роль интрузивов может ограничиваться привносом тепловой энергии, а промышленные концентрации полезных компонентов достигаются за счет их перераспределения во вмещающих породах.
Среди вулканогенных месторождений, сформированных в кремнекислых магматических провинциях, широко известны месторождения золота, серебра (эти металлы часто образуют комплексные месторождения), олова, ртути, цеолитов. Некоторые кремнекислые лавы (перлиты) сами по себе являются ценным материалом, используемом при строительстве.